Nacque a San Lorenzo di Trevi (PG) il 15 Marzo 1841.
Fu ordinato sacerdote nel 1863 e parroco di Cannaiola di Trevi. L’amore ardente per la Sacra Famiglia spinse il Beato Bonilli a soccorrere i poveri, gli orfani, i sordomuti, i ciechi e le persone abbandonate, per essi, il 13 Maggio 1888, fondò la Congregazione delle Suore della Sacra Famiglia di Spoleto.
Trasferitosi a Spoleto, 1898 fu eletto canonico penitenziere della Cattedrale e, colpito dalla cecità, trascorse gli ultimi anni della sua vita in una piccola camera della Casa Madre delle Suore. Morì a Spoleto nel 1935. Fu proclamato Beato da Giovanni Paolo II il 24 Aprile 1988.
Così Giovanni Paolo II ricordò Pietro Bonilli nell’omelia che pronunciò il giorno della sua beatificazione.